براساس ماده ۱۴ اساسنامه، مؤسسه به وسیله هیئت مدیرهای مرکب از سه یا پنج نفر که توسط مدیر عامل راهآهن ج.ا.ا انتخاب و معرفی میشوند، اداره میشود. مدیر عامل راهآهن حق دارد به تعداد مورد لزوم اعضاء علیالبدل هیئت مدیره انتخاب نماید. برای کسب اطلاعات بیشتر میتوانید به اساسنامه مؤسسه مراجعه نمایید.